วิทยาลัยอิสลามศึกษาได้รับพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งเมื่อวันที่ 31 ธันวาคม 2532 โดยกำหนดให้เป็นศูนย์กลางการศึกษา ค้นคว้า วิจัยด้านวิชาการ และศิลปวิทยาการเกี่ยวกับศาสนาอิสลามและบริการวิชาการแก่สังคม รวมทั้งผลิตกำลังคนทางด้านอิสลามศึกษาทั่วไปในทุกสาขา ปัจจุบันวิทยาลัยอิสลามศึกษาประกอบด้วย สำนักงานเลขานุการ สำนักงานวิชาการและบริการชุมชน และภาควิชาอิสลามศึกษา