ส่วนในด้านการบริหารนั้น ในวันที่ 12 มีนาคม 2511 ได้มีพระบรมราชโองการประกาศใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ขึ้น มหาวิทยาลัยจึงกำหนดให้วันที่ 13 มีนาคม ของทุกปี เป็นวันสำคัญอีกวันหนึ่งของมหาวิทยาลัยโดยกำหนดเป็น "วันสถาปนามหาวิทยาลัย" และในวันที่ 8 เมษายน 2511 ก็มีประกาศแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ออกเป็น 3 ส่วนคือ
                             1. สำนักงานอธิการบดี
                             2. คณะวิทยาศาสตร์
                             3. คณะวิศวกรรมศาสตร์
               และในวันที่ 17 เมษายน 2511 ก็ได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ ฯพณฯ พ.อ. ถนัด คอมันตร์ เป็นอธิการบดี และศาสตราจารย์ ดร.สตางค์ มงคลสุข เป็นรองอธิการบดี ในปี 2511 มหาวิทยาลัยก็เปิดรับนักศึกษาคณะศึกษาศาสตร์รุ่นแรก จำนวน 60 คน เป็นนักศึกษาสาขาวิทยาศาสตร์ 35 คน และสาขาศิลปศาสตร์ 25 คน โดยในภาคการศึกษาแรกก็ยังคงใช้อาคารเรียนของคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์อยู่ เมื่อการก่อสร้างอาคารที่ปัตตานีแล้วเสร็จเป็นบางส่วน ในภาคการศึกษาที่ 2 คณะอาจารย์และนักศึกษาก็ได้ย้ายมาที่ศูนย์ปัตตานีพร้อมกันในวันที่ 9 พฤศจิกายน 2511 ส่วนนักศึกษาคณะวิศวกรรมศาสตร์ก็ยังคงอาศัยเรียนที่กรุงเทพฯ ต่อไป ต่อมาในวันที่ 5 ธันวาคม 2511 มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี ให้ยกเลิกการแบ่งส่วนราชการ ซึ่งประกาศเมื่อวันที่ 8 เมษายน 2511 โดยประกาศฯ ใหม่ ให้เพิ่มคณะศึกษาศาสตร์เป็นส่วนราชการของมหาวิทยาลัยเพิ่มเติม

              สำหรับการก่อสร้างมหาวิทยาลัยที่ศูนย์ตำบลคอหงส์ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลานั้น เริ่มก่อสร้างในปี 2512 เมื่อการก่อสร้างบางส่วนแล้วเสร็จในปี 2514 วันที่ 5 กรกฎาคม 2514 อาจารย์และนักศึกษาคณะวิศวกรรมศาสตร์ ปีที่ 2, 3 และ 4 ประมาณ 200 คน ก็ย้ายมาอยู่ประจำที่ศูนย์หาดใหญ่ ส่วนนักศึกษาปีที่ 1 ก็ยังคงเรียนที่กรุงเทพฯ และย้ายตามลงมาในภาคการศึกษาที่ 1 ปีการศึกษา 2515 สำหรับนักศึกษาคณะวิทยาศาสตร์ซึ่งเริ่มเปิดรับรุ่นแรกในปี 2512 จำนวน 60 คน และบุคลากรหน่วยต่างๆ ของมหาวิทยาลัย ก็ย้ายมายังศูนย์หาดใหญ่ในภาคการศึกษาที่ 1 ปีการศึกษา 2515เช่นเดียวกัน จึงถือว่ามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ย้ายที่ทำการมาอยู่อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา อย่างถาวรภายในปี 2514

              จากนั้นเป็นต้นมา มหาวิทยาลัยฯ ก็ดำเนินงานมาด้วยความเจริญก้าวหน้า และได้เปิดคณะวิชาต่างๆ จนถึงปัจจุบันมี 25 คณะ ในด้านการผลิตบัณฑิต มหา-วิทยาลัยฯ เปิดสอนสาขาวิชาการต่างๆ จำนวน 236 สาขา เป็นการศึกษาระดับปริญญาเอกและเทียบเท่า 20 สาขา หลักสูตรฝึกอบรมแพทย์เฉพาะทาง 9 สาขา, ปริญญาโท 86 สาขา, ประกาศนียบัตรบัณฑิต 2 สาขา, ปริญญาตรี (4-6 ปี) 121 สาขา ซึ่งพอจะสรุปพัฒนาการได้ตามลำดับดังนี้ 
          ปี 2510 - รับนักศึกษาคณะวิศวกรรมศาสตร์ 
             2511 - รับนักศึกษาคณะศึกษาศาสตร์ 
             2512 - รับนักศึกษาคณะวิทยาศาสตร์ 
             2516 - รับนักศึกษาคณะแพทยศาสตร์ 
             2517 - รับนักศึกษาพยาบาลศาสตร์ 
             2518 - รับนักศึกษาคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ 
             2519 - รับนักศึกษาคณะวิทยาการจัดการ 
             2520 - รับนักศึกษาคณะทรัพยากรธรรมชาติ 
                       - รับนักศึกษาวิทยาลัยชุมชนภูเก็ต (อนุปริญญา) 
             2522 - รับนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์ 
                       - รับนักศึกษาบัณฑิตวิทยาลัย สาขาเคมีศึกษาเป็นสาขาแรก
             2526 - รับนักศึกษาคณะทันตแพทยศาสตร์ 
             2528 - รับนักศึกษาคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 
             2529 - รับนักศึกษาหลักสูตรพยาบาลศาสตรบัณฑิตต่อเนื่อง (1 ปี และ 2 ปี) 
             2532 - รับนักศึกษาวิทยาลัยอิสลามศึกษา 
             2533 - รับนักศึกษาวิทยาลัยชุมชนสุราษฎร์ธานี (อนุปริญญา)
                       - โครงการจัดตั้งวิทยาเขตภูเก็ต 
             2534 - รับนักศึกษาหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาคอมพิวเตอร์ธุรกิจโครงการขยายการศึกษาที่จังหวัดตรัง 
             2535 - โครงการจัดตั้งคณะการจัดการสิ่งแวดล้อม
             2536 - โครงการจัดตั้งคณะอุตสาหกรรมเกษตร
             2537 - รับนักศึกษาคณะการจัดการโรงแรมและการท่องเที่ยว วิทยาเขตภูเก็ต 
             2538 - รับนักศึกษาบัณฑิตศึกษาระดับปริญญาเอก สาขาชีวเคมีเป็นสาขาแรก 
             2539 - พัฒนาโครงการขยายการศึกษาที่จังหวัดตรัง เป็นวิทยาเขตสารสนเทศ
             2540 - โครงการจัดตั้งคณะศิลปศาสตร์
             2542 - รับนักศึกษาโครงการจัดตั้งคณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม วิทยาเขตสุราษฎร์ธานี 
             2543 - เปลี่ยนชื่อโครงการจัดตั้งคณะการจัดการโรงแรมและการท่องเที่ยว วิทยาเขตภูเก็ต เป็นโครงการจัดตั้งคณะอุตสาหกรรมบริการ
                       - จัดตั้งคณะศิลปกรรมศาสตร์ ที่วิทยาเขตปัตตานี
                       - จัดตั้งสถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา ที่วิทยาเขตปัตตานี
             2545 - จัดตั้งคณะวิทยาการสื่อสาร ที่วิทยาเขตปัตตานี
                       - จัดตั้งคณะนิติศาสตร์ ที่วิทยาเขตหาดใหญ่
                       - เปลี่ยนชื่อโครงการจัดตั้งคณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม วิทยาเขตสุราษฎร์ธานี เป็นคณะเทคโนโลยีและการจัดการ
             2546 - จัดตั้งคณะพาณิชยศาสตร์และการจัดการ ที่วิทยาเขตตรัง
                       - จัดตั้งคณะเศรษฐศาสตร์ ที่วิทยาเขตหาดใหญ่
             2547 - กำหนดให้จัดการศึกษาที่ภูเก็ต สุราษฎร์ธานี และตรัง เป็นเขตการศึกษา
             2548 - จัดตั้งโครงการจัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย 
                       - เปิดรับนักศึกษาในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และมัธยมศึกษาตอนปลาย เข้าศึกษาในโรงเรียน ม.อ.วิทยานุสรณ์ที่วิทยาเขตหาดใหญ่
                       - จัดตั้งคณะเทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม ที่เขตการศึกษาภูเก็ต
             2549 - จัดตั้งโครงการจัดตั้งคณะรัฐศาสตร์ ที่วิทยาเขตปัตตานี
                       - จัดตั้งจัดตั้งคณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ที่เขตการศึกษาสุราษฎร์ธานี
             2550 - จัดตั้งคณะการบริการและการท่องเที่ยว (เดิมชื่อคณะอุตสาหกรรมบริการ)
                       - คณะวิเทศศึกษา
             2551 - จัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย