โครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์เป็นหน่วยงานของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยมีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์ ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ที่ 0679/2552 เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2552 ในช่วงแรกของการดำเนินงาน ได้รับความช่วยในหลายด้านจากหน่วยระบาดวิทยาคณะแพทยศาสตร์ และสถาบันวิจัยสุขภาพภาคใต้ (วพส.) เป็นอย่างดี โครงการจัดตั้งฯ มีความมุ่งมั่นที่จะตอบสนองความต้องการของสังคมและประเทศชาติ โดยมีเอกลักษณ์ที่ไม่ซ้ำกับคณะสัตวแพทย์ฯ ที่มีอยู่แล้วในประเทศไทย และผลิตสัตวแพทย์ที่เป็นคนในพื้นที่ ผ่านการศึกษาสัตวแพทย์ในหลักสูตรที่สอดคล้องกับสังคมพหุวัฒนธรรม และสามารถสื่อสารกับคนในพื้นที่ด้วยภาษาท้องถิ่นได้เป็นอย่างดี นอกเหนือจากหน้าที่ที่ต้องดูแลสุขภาพสัตว์ สุขภาพคน และสุขภาพสิ่งแวดล้อม ปัจจุบัน โครงการจัดตั้งฯ ได้เสนอหลักสูตรต่อสัตวแพทยสภาเพื่อพิจารณารับรองหลักสูตรและรับรองสถาบัน ตามหนังสือที่ ศธ 0521/0088 ลว.12 มกราคม 2555 และรอผลการพิจารณาในลำดับต่อไป