จุดเด่นของคณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี ตั้งแต่เริ่มต้นคือ รัฐศาสตร์ท้องถิ่นจังหวัดชายแดนภาคใต้ หลักสูตรเริ่มต้นมีการแบ่งรัฐศาสตร์เป็น 2 แผน คือ แผน ก รัฐศาสตร์ทั่วไป และ แผน ข รัฐศาสตร์ท้องถิ่นจังหวัดชายแดนภาคใต้ การเน้นลักษณะพิเศษท้องถิ่นมีเหตุผลว่า จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นพื้นที่พิเศษ รัฐศาสตร์ของ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี จึงควรมีอะไรที่พิเศษด้วย ทบวงมหาวิทยาลัยในขณะนั้น จึงยอมรับหลักสูตรดังกล่าว และมีการปรับปรุงหลักสูตร เมื่อปี พ.ศ.2537 เพื่อให้ทันสมัยกับเหตุการณ์มากขึ้น จุดเด่นของคณะรัฐศาสตร์ การสร้างอัตลักษณ์ของวิชารัฐศาสตร์ในส่วนภูมิภาคที่สอดคล้องกับสภาพปัญหาทางสังคม เศรษฐกิจและการเมืองของท้องถิ่น เพราะมีจุดได้เปรียบคือ อยู่ใกล้ข้อมูลที่เป็นจริงและชุมชนที่มีความหลากหลาย สามารถพัฒนาการศึกษา การวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ทางรัฐศาสตร์ให้สอดคล้องกับสภาพพื้นที่ คณะรัฐศาสตร์จัดการเรียนการสอนที่สอดคล้องกับองค์ประกอบพิเศษของการศึกษารัฐศาสตร์ภาคใต้ กล่าวคือ แขนงวิชาการปกครอง / แขนงวิชาการปกครองท้องถิ่น เป็นการศึกษาที่เน้นการผลิตบุคลากรภาครัฐ และองค์กรภาคสังคมที่มีความรู้ ความเข้าใจในวิถีชีวิต วัฒนธรรมท้องถิ่น ของจังหวัดชายแดนภาคใต้ แขนงวิชาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ เป็นการศึกษาที่เน้นองค์ความรู้สากล โลกมุสลิมและอาเซียน ความสัมพันธ์ข้ามแดนไทย-มาเลเซีย แม้ว่าบางส่วนจะมีองค์ประกอบด้านศาสตร์ทางการทูต แต่ก็ทำให้บัณฑิตสามารถทำงานเฉพาะด้านในพื้นที่ชายแดน และความสัมพันธ์ระหว่างประเทศในโลกมุสลิมและอาเซียน แขนงวิชานโยบายสาธารณะ เป็นการศึกษาที่ประยุกต์ศาสตร์ ด้านนโยบายสาธารณะ เพื่อแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยเน้นนโยบายสาธารณะในสังคมพหุวัฒนธรรมในการสร้างความเข้าใจต่อปัญหาในพื้นที่ คณะรัฐศาสตร์ได้ร่วมกับคณะอื่นๆ ในมหาวิทยาลัย เช่น คณะวิทยาการสื่อสาร คณะวิทยาการจัดการ วิทยาลัยอิสลามศึกษา และสถาบันสันติศึกษาจัดตั้งสถานวิจัยความขัดแย้ง และความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้ (Center for Confute Studies and Cultural Diversity-CSCD) เพื่อส่งเสริมสนับสนุนงานวิชาการ และการวิจัยเกี่ยวกับความขัดแย้งและสันติศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้ อันเป็นนวัตกรรมใหม่ของการศึกษาวิจัยทางรัฐศาสตร์ จุดเด่นอีกประการหนึ่งที่คณะรัฐศาสตร์สร้างขึ้นมาในปัจจุบันก็คือ การสร้างหลักสูตรการศึกษาเรื่อง การจัดการความขัดแย้ง และการจัดการในสังคมที่มีความหลากหลายทางวัฒนธรรม โดยเน้นทั้งประเด็นปัญหาในท้องถิ่นและการเปรียบเทียบกับต่างประเทศ
